Ο απήγανος είναι ιδιαίτερα γνωστός από την αρχαιότητα. Σύμφωνα με αναφορές του Αθήναιου, ο Κλέαρχος, τύραννος της Ηράκλειας του Πόντου, καλούσε τους αξιωματικούς του στα ανάκτορα, τους έδινε να πίνουν κώνειο και διασκέδαζε βλέποντάς τους να σφαδάζουν. Εκείνοι έτρωγαν απήγανο πριν τις συναντήσεις με τον τύραννο, σαν αντίδοτο στις δηλητηριάσεις. Με αυτόν τον τρόπο υποκρίνονταν κατά την παρουσία του και έσωζαν τις ζωές τους. Οι αρχαίοι Έλληνες τον χρησιμοποιούσαν κατά της δυσπεψίας που τους προκαλούνταν από το μάτιασμα όταν έτρωγαν μπροστά σε ξένους. Κατά τους ρωμαϊκούς χρόνους, ο Πλίνιος αναφέρει πως οι ζωγράφοι έτρωγαν άφθονο απήγανο για να έχουν καλή όραση. Το 1625, ένας Ιταλός γιατρός, ο Piperno, τον χρησιμοποιούσε κατά της επιληψίας και των ιλίγγων. Στη λαϊκή ιατρική χρησιμοποιήθηκε για τη θεραπεία της φυματίωσης, λύσσας, σύφιλης κ.α